Kölcsönható szerkezeti elemek és kölcsönhatási felszín azonosítása egy fehérje-fehérje interakción alapuló molekuláris kapcsoló esetén
Munkám során a Staphylococcus aureus-ban található mozgó genetikai elemek terjedését szabályozó molekuláris kapcsolót alkotó fehérjék (Stl illetve egy fág eredetű dUTPáz) kölcsönható szerkezeti elemeit vizsgáltam. Az Stl a DNS-hez kötve gátolja a patogenicitási szigetek kifejeződését (represszió), a dUTPázzal való kölcsönhatás következtében ez a fehérje-DNS komplex felbomlik (derepresszió).
Célom az Stl és a dUTPáz közötti kölcsönható felszínek és ezáltal a patogenicitási szigetek szabályozásában fontos szerepet játszó szerkezeti elemek azonosítása volt. Ennek alapján a jövőben esély nyílhat a mozgó genetikai elemek által hordozott virulencia faktorok különböző S. aureus törzsek közötti terjedésének megakadályozására.
Elsőként olyan dUTPáz fehérjéket vizsgáltam, melyekből egyes szerkezeti motívumok törlésre kerültek: az egyik a fágokra jellemző specifikus inzertet (dLoop), a másik a vad típusú fehérje flexibilis C-terminális karján található V. konzervált motívumot nem tartalmazta (dKar). Korábbi vizsgálatok alapján mindkettő kötődik az Stl-hez, azonban a dLoop mutáns fehérje a dKar fehérjével ellentétben nem mutat a vad típussal megegyező viselkedést. A két fehérje kristályosításával és a kristályok röntgendiffrakciós szerkezetvizsgálatával szeretnék magyarázatot találni a tapasztalt különbségre. Ennek érdekében többféle körülményben kristályosítottam a fehérjéket és az oldatösszetétel optimálását követően a kapott makroszkópikus kristályok (1. ábra) szórási képét is vizsgáltam.
Emellett a fehérje-fehérje kölcsönható felszín azonosítása érdekében keresztkötési kísérleteket végeztem, melyek a monomer és dimer állapotban is előforduló Stl fehérje oligomerizációban résztvevő, illetve a dUTPáz enzimmel kölcsönható felszínéről is információt nyújthatnak. Az egyedi fehérjék esetében a keresztkötési reakció során többségében kovalensen kötött dimer Stl, trimer dUTPáz, míg a fehérjék keveréke esetében kovalensen kötött komplex termékek képződtek. Az így kezelt minták tripszinnel történő hasítását követően, tömegspektroszkópiás (MS) mérési eredményekből meghatároztuk, hogy mely lizin aminosavak vannak egymással térközelségben a fehérjeláncon belül, a dimerben és a komplexben.
szerző
-
Matejka Judit
Biomérnöki alapképzési szak, nappali BSC
alapképzés (BA/BSc)
konzulensek
-
Dr. Vértessy G. Beáta
egyetemi tanár, Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék -
Nyíri Kinga
, Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék
