Tau protein in silico szerkezetvizsgálata
A Tau protein a mikrotubulusok stabilizálásában játszik szerepet. Monomerként a Tau ún. rendezetlen fehérje (intrinsically disordered protein (IDP)), mivel nem képez egy stabil harmadlagos struktúrát. Ugyanakkor kimutatták, hogy Alzheimer betegeknél az idegrendszerben fibril aggregátumokat képez. Kis molekulák hozzákapcsolása a monomer formához terápiás potenciállal rendelkezhet, ha gátolja a nukleációt (új fibril magok keletkezését) és az aggregáció folyamatát. Korábban már kimutatták, hogy a szerkezet-alapú megközelítés eredményesen alkalmazható az IDP-k új bindereinek azonosítására – például az alfa-synuclein esetében. Molekula szimulációval beazonosíthatóak gyakrabban előforduló konformációk, melyeket célozva találhatunk olyan ligandumokat, melyek egy bizonyos konformációban stabilizálják a fehérjét.
Ennek megfelelően RMSD mátrix kalkulálásával és a másodlagos szerkezet eloszlásának számításával karakterizáltam a rendelkezésemre álló Tau monomer konformációs szettet. Hot spotokat azonosítottam a kismolekulák által elérhető fehérje felület számolásával. E helyekre metilén kék dokkolásával azonosítottam potenciális kötőhelyeket.
szerző
-
Csizmadia Georgina
Biomérnöki mesterképzési szak, nappali MSc
mesterképzés (MA/MSc)
konzulensek
-
Dr. Poppe László
egyetemi tanár, Szerves Kémia és Technológia Tanszék -
Dr. Kiss Róbert
tudományos munkatárs, MTA-TTK (külső)