Regisztráció és bejelentkezés

Tau protein in silico szerkezetvizsgálata

A Tau protein a mikrotubulusok stabilizálásában játszik szerepet. Monomerként a Tau ún. rendezetlen fehérje (intrinsically disordered protein (IDP)), mivel nem képez egy stabil harmadlagos struktúrát. Ugyanakkor kimutatták, hogy Alzheimer betegeknél az idegrendszerben fibril aggregátumokat képez. Kis molekulák hozzákapcsolása a monomer formához terápiás potenciállal rendelkezhet, ha gátolja a nukleációt (új fibril magok keletkezését) és az aggregáció folyamatát. Korábban már kimutatták, hogy a szerkezet-alapú megközelítés eredményesen alkalmazható az IDP-k új bindereinek azonosítására – például az alfa-synuclein esetében. Molekula szimulációval beazonosíthatóak gyakrabban előforduló konformációk, melyeket célozva találhatunk olyan ligandumokat, melyek egy bizonyos konformációban stabilizálják a fehérjét.

Ennek megfelelően RMSD mátrix kalkulálásával és a másodlagos szerkezet eloszlásának számításával karakterizáltam a rendelkezésemre álló Tau monomer konformációs szettet. Hot spotokat azonosítottam a kismolekulák által elérhető fehérje felület számolásával. E helyekre metilén kék dokkolásával azonosítottam potenciális kötőhelyeket.

szerző

  • Csizmadia Georgina
    Biomérnöki mesterképzési szak, nappali MSc
    mesterképzés (MA/MSc)

konzulensek

  • Dr. Poppe László
    egyetemi tanár, Szerves Kémia és Technológia Tanszék
  • Dr. Kiss Róbert
    tudományos munkatárs, MTA-TTK (külső)