Glikoproteinek tömegspektrometriás azonosítása: fókuszban a megbízható adatbázis keresés
A glikoziláció az egyik leggyakoribb poszt-transzlációs módosulás, melynek során változatos glikán szerkezetek kapcsolódnak a fehérjékhez. Az így létrejövő glikoproteinek glikozilációs mintázata biomarkerként szolgálhat. A glikoproteinek diverzitása és kis koncentrációja miatt vizsgálatuk nagy kihívást jelent, s erre a legalkalmasabb technika a folyadékkromatográfiás elválasztással kapcsolt tandem tömegspektrometria.
Munkám során glikoproteinek azonosítására alkalmas tömegspektrometriás mérési- és kiértékelési módszerek hatékonyságának és megbízhatóságának fejlesztésével foglalkoztam. A tömegspektrometriás mérések adatbázis kereséssel kerülnek kiértékelésre elméleti spektrumokkal történő összehasonlítás alapján. Az azonosítás sikerét a kísérleti paraméterek (pl. beállított ütközési energia) és a használt szoftver jellemzői egyaránt befolyásolják. Kutatásaim során elvégeztem az ütközési energia szisztematikus változtatásával felvett, több száz, standard és komplex biológiai mintákból származó mérés kiértékelését és összehasonlítottam többféle kereső szoftver eredményeit.
Az optimális ütközési energia függ a használt szoftvertől és adott esetben a glikán szerkezetétől is, ezzel lehetőséget kínálva az ütközési energia beállítás finomhangolására. Az optimalizált és irodalmi beállításokkal elvégzett teljesítőképességi vizsgálatok során 87%-kal több glikopeptidet azonosítottunk, átlagosan 32%-kal nagyobb megbízhatóságot jellemző pontszámmal az optimalizált módszerrel glikodúsított HeLa és humán vérplazma mintákban.
Az előzőekben leírt kutatásom célja egy olyan protokoll létrehozása, amellyel komplex biológiai minták glikoproteinjei nagyobb hatékonysággal és megbízhatósággal határozhatók meg, s amely kiindulópontot adhat az ütközési energia gyorsabb optimálásához más tömegspektrométerek használata esetén. A kísérletek más műszerekre, illetve más adatgyűjtési módra való kiterjesztése folyamatban van.
szerző
-
Schultzné Xue Andrea
Biotechnológia
mesterképzs (MA/MSc)
konzulensek
-
Révész Ágnes
tudományos munkatárs, Természettudományi Kutatóközpont (külső) -
Dr. Lakné Komka Kinga
egyetemi adjunktus, Kémiai és Környezeti Folyamatmérnöki Tanszék
