Komparatív Genomiális Hibridizáció alkalmazása a genetikai diagnosztikában
A microarray alapú comparative genomic hybridization (CGH) technika magában foglalja mind a klasszikus citogenetikai mind a molekuláris genetikai vizsgálati módszereket, amellyel hozzájárult a klinikai citogenetika tudományterület megújulásához. Az array-CGH technikával lehetőség nyílt a kiegyensúlyozatlan genomiális számbeli eltérés detektálására, mint pl. deléciók, duplikációk és aneuploidia.
Munkám célja, egy olyan vizsgálati módszer bevezetése, amellyel gyors, pontos és megbízható eredmény adható a genetikai eredetű kórképekben. Dolgozatom során az alkalmazott array-CGH technika metodikáját és két beteg – egy két éves kislány és egy 27 éves nő – molekuláris genetikai vizsgálatát mutatom be. A molekuláris citogenetikai vizsgálatokat comparative genomic hybridization (CGH) analízissel végeztem a Roche NimbleGen rendszerrel (CGX array).
Az első esetben, a 2 éves kislány DNS mintájának array-CGH analízis során a 17. kromoszóma rövid karján a chr17p13.3 régiónál egy 2.0844 Mb méretű hiányt detektáltam. Ebben a régióban bekövetkező CNV a Miller-Dieker szindrómában szindróma kialakulásáért felelős és a kislánynál leírt klinikai kórkép megegyezett a kapott eredménnyel. A CGH eredmény megerősítése érdekében Miller-Dieker specifikus FISH próbát végeztek a II. számú Gyermekgyógyászati Klinikán, amellyel megerősítették a kapott array-CGH eredményt.
A második eset egy 27 éves POF/POI betegséggel érintett női beteg. A korai petefészek-kimerülésben (POF/POI) szenvedő betegek esetén az FMR1 gén promoter régiójában található (CGG)n ismétlődések (repeat) szám növekedésének kimutatása, a premutációs állapot igazolása és a trinukleotid ismétlődés számának meghatározása az egyik vizsgálati célpont. A betegeknél első lépésként Southern blot analízissel és azt követő radioaktívan jelzett DNS próbával történő hibridizálással vizsgáltuk az FMR1 promoter régiójában található CGG trinukleotid ismétlődéseket. A POF/POI betegekben az FMR1 gén premutációs státusszal asszociálhat. Az adott betegnél is elvégeztem a Southern blot analízist, amellyel csak az aktív X kromoszómát detektáltam, és az inaktív X kromoszómát nem. A CGG ismétlődés szám meghatározását Repeat Primed (RP)-PCR analízissel végeztem, mely során egy csúcsot detektáltam, ami 23 CGG ismétlődés számnak felelt meg, valamint egy AGG megszakítást is igazoltam. A G-sávozás során a sejtek 25%-ában X-monoszómia, 75%-ában pedig egy kisebb méretű X kromoszómát detektáltak, az array-CGH technikával meghatároztam az érintett X kromoszóma pontos töréspontját és egy 67.355 Mb méretű hiányt igazolta. Az elvégzett CGX array tapasztalati alapján úgy véljük, hogy az array-CGH technika ígéretes technikai megoldás lehet a látható és szubmikroszkópikus kromoszóma eltérések detektálásában.
szerző
-
Krisán Ágnes Olga
biomérnöki
nappali
konzulensek
-
Dr. Karcagi Veronika
osztályvezető, Országos Környezetegészségügyi Intézet (külső) -
Dr. Pikó Henriett
Biológus, Országos Környezetegészségügyi Intézet (külső) -
Dr. Szarka András
egyetemi tanár, Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék
