Regisztráció és bejelentkezés

A genomi uracil előfordulásának és eloszlásának vizsgálata

Összefoglaló

A genomi uracil előfordulásának és eloszlásának vizsgálata

Nagy Kinga, MSc. II. évf.

Témavezető: Dr. Vértessy G. Beáta egyetemi tanár

BME Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék

Konzulens: Scheer Ildikó PhD. hallgató

BME Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék

Az uracil a természetben az RNS egyik alkotóeleme, a DNS-ben való megjelenése általában hibának számít, amit az élőlényekben az evolúció során kialakult javító mechanizmus távolít el. Az uracil a DNS-ben normál élettani körülmények között is előfordulhat, például egyes bakteriofágok DNS-e timin helyett uracilt tartalmaz, továbbá a B-limfociták esetében is fontos szerepet játszik a sejtek DNS-ében megjelenő uracil. Akár hibaként, akár normális élettani folyamat eredményeként fordul elő ez a szokatlan bázis, a DNS-en belüli eloszlása lényegi információval szolgálna a mutációra különösen hajlamos forró pontok (hot spot) felmérésében.

TDK munkám célja az uracil DNS-beli előfordulásának és eloszlásának vizsgálatára alkalmas új módszer kidolgozása és valamint optimalizálása, mivel a jelenleg elérhető módszerek nem alkalmasak a DNS-en belüli uracil-mintázat felmérésére.

Erre egy speciális Dot blot technikát dolgoztunk ki, amely során egy katalitikusan inaktív, de uracil felismerésre képes (D145N és H268N mutáns) uracil-DNS glikoziláz enzimet használtunk a DNS-ben található uracil detektálására. A módszer előnyei közé tartozik, hogy nagyon specifikus az uracilra, a teljes genomi DNS uracil-tartalmáról és annak eloszlásáról egyaránt kvantitatív információt szolgáltat, valamint, hogy nem csupán in vitro, hanem in situ ill. in vivo kísérletekben is alkalmazható lehet.

Munkám során a fent említett duplamutáns enzim konstruktokat funkcionális agaróz-assay-vel vizsgáltam, míg a DNS kötő képességüket elektroforetikus mobilitás teszttel (EMSA) jellemeztem. Ezekkel az enzim konstruktokkal számos kísérletet végeztem a Dot blot technika optimalizálására. Emellett az említett elven működő uracil-kimutatás érzékenyítésére ELISA kísérleteket is végeztem, immuncitokémiát pedig in situ vizsgálatként alkalmaztam.

szerző

  • Nagy Kinga
    biomérnöki
    nappali

konzulens

  • Dr. Vértessy G. Beáta
    egyetemi tanár, Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudományi Tanszék